Z uwagi na przenosiny ojca, Nowotny zmienił szkołę na gimnazjum (Oberschule) w Laa an der Thaya, gdzie zdał maturę w maju 1938. Jako nastolatek interesował się wieloma dyscyplinami sportu. W 1935 grał w szkolnej reprezentacji piłki nożnej w Waidhofen i w 1937 zajął pierwsze miejsce w zawodach w rzucie oszczepem oraz trzecie miejsce w biegu na 1000 m podczas lekkoatletycznych mistrzostw Dolnej Austrii. Wstąpił do NSDAP w 1938 , dla uniknięcia obowiązkowej służby w Reichsarbeitsdienst zaciągnął się 1 października 1939 roku do Luftwaffe.
Służba w Luftwaffe Podstawowe szkolenie wojskowe rozpoczął w 2. Flieger-Ausbildungsregiment 62 w Quedlinburgu (1 października 1939 – 15 listopada 1940) oraz kontynuował je w Luftkriegschule 5 w dzielnicy Wrocławia Strachowicach (16 listopada 1939 – 30 czerwca 1940). Awansował na stopień starszego szeregowca-podchorążego 1 marca 1940, a miesiąc później, 1 kwietnia, na podoficera-podchorążego. 1 lipca 1940, po raz kolejny awansował, tym razem na stopień chorążego. Ukończył szkolenie pilotów i otrzymał odznakę pilota 19 sierpnia 1940. Nowotny szkolił się także na pilota myśliwskiego w Jagdfliegerschule 5 w Wiedniu (1 sierpnia 1940 – 15 listopada 1940), tej samej szkole, do której rok wcześniej uczęszczał Hans-Joachim Marseille.