Wszystkie materiały z tych badań uległy zniszczeniu pod gruzami Zakładu Geologii UW w 1939, razem ze zbiorami skał i skamieniałości z jury polskiej (kilkanaście tysięcy okazów) i ze Spitsbergenu.
Lata wojenne W lipcu 1939 zmobilizowany do 4 Pułku Saperów do Przemyśla, skąd jeszcze w czasie obrony Warszawy wyruszył okrężną drogą przez Lwów, Łuck, Brześć, do Siedlec i dalej pieszo do stolicy. W czasie jej oblężenia, na Mokotowie, Górcach i Odolanach wspomagał pracami saperskimi oddziały piechoty. Po kapitulacji nie poszedł do niewoli, zamieszkał na terenie Państwowego Instytutu Geologicznego. W czasie okupacji zaangażowany w działalność podziemną w AK. Na polecenie władz konspiracyjnych pracował w byłym Państwowym Instytucie Geologicznym w Warszawie, który przemianowano na „Amt für Bodenforschung” (z centralą w Krakowie jako stolicy Generalnego Gubernatorstwa). Opracowywał mapy do celów wojskowych. W latach 1941–1942 współpracował konspiracyjnie z grupą architektów i urbanistów (w skład której wchodzili m.in. Szymon Syrkus, Jan Olaf Chmielewski, Michał Kaczorowski, Stanisław Tołwiński) w Społecznym Przedsiębiorstwie Budowlanym przygotowując przyszłe plany rozbudowy Warszawy. Od 1943 kierował komórką przy „Szefostwie Służby Geograficznej” Komendy Głównej AK (kryptonim „Schronisko”) i awansował do stopnia porucznika.