Na życzenie władz pruskich diecezja wigierska nie została podporządkowana metropolii gnieźnieńskiej, lecz podlegała bezpośrednio Stolicy Apostolskiej.
W skład diecezji weszło: 90 parafii z diecezji wileńskiej (dekanaty: Augustów, Białystok, Knyszyn, Olwita, Preny, Simno, Sokółka, Wigry) 44 parafie z diecezji łuckiej (dekanaty: Bielsk Podlaski, Brańsk, Drohiczyn, Tykocin) 15 parafii z diecezji żmudzkiej (dekanaty: Sapieżyszki, Wierzbołowo)
Łącznie w 149 parafiach było ponad 292 tys. spowiadających się wiernych (czyli bez dzieci do około 12. roku życia). W granicach diecezji znajdowało się też 14 klasztorów męskich i 3 żeńskie.
Diecezja w czasach bp. Karpowicza
Pierwszym biskupem wigierskim został Michał Franciszek Karpowicz. Został on wskazany przez władze pruskie na funkcję biskupa wigierskiego już 22 grudnia 1797, zaś prekonizacja miała miejsce 5 kwietnia 1799. Sakrę biskupią przyjął 30 marca 1800 w kościele św. Krzyża w Warszawie z rąk bp. Jana Chrzciciela Albertrandi. Na mocy dyspensy papieskiej Albertrandiemu asystowali duchowni niebędący członkami episkopatu: Tomasz Ostaszewski oraz Adam Michał Prażmowski.