Johnsona (Johnson Space Center) w Wydziale Operacji Lotniczych (Aircraft Operations Division). Pracowała jako inżynier samolotu treningowego STA (Shuttle Training Aircraft), zmodyfikowanego samolotu , będącego latającym symulatorem wahadłowca. 2000 – 26 lipca przyjęto ją do 18 grupy amerykańskich astronautów. W sierpniu w Johnson Space Center rozpoczęła przeszkolenie specjalistyczne. Podczas kursu poznała budowę Międzynarodowej Stacji Kosmicznej oraz promu kosmicznego. 2002 – zakończyła szkolenie i została skierowana do Biura Astronautów NASA do Station Operations Branch (wydział zajmujący się eksploatacją stacji kosmicznej). 2004–2005 – podczas lotu Ekspedycji 10 na pokładzie Międzynarodowej Stacji Kosmicznej Stott była w zespole astronautów wspierających oraz pełniła funkcję operatora łączności (CapCom). 2006 – od 26 do 28 stycznia uczestniczyła w teście na umiejętność przeżycia w przypadku awaryjnego lądowania na obszarach niezamieszkanych. W eksperymencie wzięli także udział Maksim Surajew z Rosji oraz astronauta NASA Timothy Kopra. Miał on miejsce w jednym z podmoskiewskich lasów.