Krytyka hipotezy Hipoteza Ecdysozoa była uznawana za kontrowersyjną – zburzyła tradycyjnie przyjmowaną hipotezę Articulata (segmentowce), według której metameria stawonogów i pierścienic była uważana za synapomorfię. Podjęte na szeroką skalę badania molekularne nie dosyć, że nie potwierdziły istnienia kladu Articulata, to przyniosły wiele dowodów potwierdzających słuszność hipotezy ekdyzonu, a przy okazji wykazały konieczność przeklasyfikowania wielu z tradycyjnie uznawanych typów bezkręgowców. Koncepcja wylinkowców została również poparta badaniami paleontologicznymi, w tym badaniami Jerzego Dzika.
Analiza molekularna przeprowadzona przez Philipa i współpracowników (2005) wskazała, że tradycyjnie rozumiane Ecdysozoa nie są kladem i wsparła hipotezę Coelomata, zakładającą bliższe pokrewieństwo stawonogów ze strunowcami. Philippe, Lartillot i Brinkmann zasugerowali jednak, że taki rezultat może być wynikiem long branch attraction.
Analiza filogenomiczna przeprowadzona przez Dunna i in. (2008) zdecydowanie potwierdzają, że jest to takson naturalny, podobnie jak