Lokalizacja Do 2024 r. główna siedziba Instytutu oraz Oddziału Nauk o Żywności mieściła się w Olsztynie przy ulicy Tuwima 10, natomiast siedziba Oddziału Biologii Rozrodu przy ulicy Bydgoskiej 7. Z końcem 2024 r. oba Oddziały zostały przeniesione do nowej siedziby Instytutu, która mieści się przy ulicy Trylińskiego 18, w bezpośrednim sąsiedztwie Olsztyńskiego Parku Naukowo-Technologicznego.
Historia Instytut rozpoczął działalność 1 kwietnia 1988 roku, początkowo (do roku 1995) pod nazwą Centrum Agrotechnologii i Weterynarii PAN, bez własnej bazy lokalowej, a kadrę pracowników naukowych stanowiło zaledwie kilka osób. Pod koniec pierwszego roku działalności placówka zatrudniała 32 pracowników naukowych: 3 profesorów, 5 docentów, 9 adiunktów i 15 asystentów, a po ponad 20 latach działalności liczby te uległy podwojeniu.
W roku 1994 Instytut uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia doktora nauk rolniczych w zakresie: technologii żywności i żywienia oraz zootechniki. W 1998 roku oddano do użytku budynek laboratoryjny Oddziału Nauki o Żywności przy ul. Tuwima 10. W roku 1999 Instytut uzyskał kolejne uprawnienia do nadawania stopnia doktora habilitowanego w zakresie: technologii żywności i żywienia oraz zootechniki.