Wieża otrzymała dębowe oszalowanie, ufundowano też nowe ławki a cmentarz ogrodzono murem z kamieni polnych.
W roku 1643 kościół został splądrowany przez wojska cesarskie. Siedem lat później, w 1650 r., zniszczone wnętrza odbudowano, wymalowano strop kościoła i oszalowano od nowa wieżę. Zgodnie z postanowieniami pokoju westfalskiego, kończącego wojnę trzydziestoletnią, jeden fragment parafii trzebieszewskiej podlegał pod szwedzkiego prepozytora w Kamieniu, a drugi pod brandenburskiego superintendenta w Cerkwicy.
W 1659 roku Ekkard von Brüsewitz podarował kościołowi pozłacany srebrny kielich. W 1661 roku powiększono plebanię i odrestaurowano mur cmentarny a Joachim von Plotz ze Świńca podarował Kościołowi 100 florenów. W 1666 roku po śmierci proboszcza Petrusa Reynariusa probostwo w Trzebieszewie nie było obsadzone przez pięć lat ponieważ szwedzkie miasto Kamień i protektorzy brandenburscy nie mogli uzgodnić kandydata na to stanowisko. Doszło do procesu zakończonego polubownie. Probostwo objął kandydat Brandenburgii.