Ostateczny efekt był jednak zdaniem Psellosa imponujący i zachwycał swoją symetrią oraz przepychem Google Books .
Dalsze losy Klasztor Peribleptu był jednym z najważniejszych tego typu obiektów w Konstantynopolu. W kościele przyklasztornym pochowano między innymi fundatora - Romana III oraz Nicefora III, który w klasztorze spędził swoje ostatnie dni pozbawiony tronu przez Aleksego I Komnena.
Po zajęciu Konstantynopola przez krzyżowców, uczestników niesławnej IV Krucjaty klasztor zajęli benedyktyni z Wenecji. Klasztor został odbudowany i powtórnie przekazany mnichom greckim przez cesarza Michała VIII po odzyskaniu miasta w 1261.
W czasie oblężenia Konstantynopola przez sułtana Murada II w klasztorze rezydował cesarz Manuel II Paleolog. Według niektórych podań w klasztorze miałby zostać pochowany ostatni cesarz Bizancjum - Konstantyn XI choć jest to mało prawdopodobne.
Po upadku miasta klasztor pozostał w rękach jego greckich mieszkańców. Pod koniec XVI lub w pierwszej połowie XVII wieku zabudowania klasztorne przekazano miejscowej społeczności ormiańskiej, która licznie zamieszkiwała tę część miasta. Do 1641 roku mieściła się tu ormiańska katedra, w której rezydował Ormiański patriarcha Konstantynopola.