Pomimo zainteresowania ze strony Rakowa Częstochowa, 30 stycznia 2023 wrócił do Legii Warszawa. 12 marca 2023 w meczu przeciwko Stali Mielec zdobył setną bramkę w karierze, dołączając do czeskiego Klubu Ligowych Kanonierów (nagroda dla czeskich piłkarzy z przynajmniej stoma golami), za co 1 kwietnia 2023, przed ligowym meczem przeciwko Rakowowi Częstochowa, otrzymał nagrodę, przy udziale delegacji czeskiej. 4 kwietnia 2023, występując przeciwko KKS 1925 Kalisz w półfinale Pucharu Polski, rozegrał setny mecz dla Legii. 2 maja 2023 zdobył z Legią Puchar Polski, a 15 lipca 2023 Superpuchar Polski. 21 lipca 2023, w wygranym 3:0 meczu Ekstraklasy z ŁKS Łódź, zdobył hat-tricka. Wiosną 2026 został zawodnikiem czeskiej Dukli Praga.
Kariera reprezentacyjna Pekhart ma za sobą występy w młodzieżowej reprezentacjach Czech. Grał w drużynach do lat 16, 17, 18, 20 i U-21. Uczestniczył między innymi w Mistrzostwach Europy U-17 2006 oraz Mistrzostwach Świata U-20 2007. Czesi na obu tych turniejach wywalczyli srebrne medale. W reprezentacji do lat 21 czeski napastnik zadebiutował 21 sierpnia 2007 w przegranym 0:1 pojedynku ze Szkocją. 9 czerwca 2009 strzelił hat-tricka w zwycięskim 8:0 spotkaniu z San Marino.