Na progu swojego panowania książę ziębicki popadł w zatarg z Kościołem. Powodem były ciągłe kłopoty finansowe księcia, uchylanie się od opłaty świętopietrza, oraz najazdy rabunkowe na dobra cysterskie w Henrykowie i Kamieńcu Ząbkowickim. Szala goryczy przepełniła się w 1329 r., kiedy ludzie księcia napadli i ograbili legata papieskiego Piotra z Alwerni. W związku z tym, że próby interwencji papieża u króla polskiego, czeskiego i książąt śląskich nie dały rezultatu, Bolko II został ostatecznie obłożony klątwą kościelną przez biskupa wrocławskiego Nankera. Kara kościelna zdjęta została dopiero po zapłaceniu klasztorom i legatowi odpowiednio wysokiego odszkodowania.

W 1335 r. władztwo Bolka II zostało zaatakowane przez margrabiego morawskiego Karola Luksemburczyka. Stało się tak dlatego, że książę ziębicki sukcesywnie odmawiał złożenia hołdu lennego ze swojego księstwa, którego znaczenie wzrosło właśnie w 1335 r., gdyż tędy prowadziła najkrótsza droga z Pragi do najważniejszego na Śląsku miasta Wrocławia przejętego w tym czasie przez Czechów. Karol Luksemburski zignorował zdeterminowanie ziębickiego Piasta i wysłał przeciwko niemu zbyt małe siły, które udało się Bolkowi pokonać, biorąc przy okazji do niewoli 150 znacznych rycerzy.