W drugiej połowie XVIII w. cerkiew była już w złym stanie. W zapiskach z wizytacji w 1757 znajdujemy informację: „sama cerkiew drewniana pod kupuła iedną z krzyżem zelaznym gontami mizernie okryta opadło...”. W XVIII w. w Grodzisku istniała też cerkiew pod wezwaniem św. Mikołaja, o której czytamy w sprawozdaniu z kolejnej wizytacji generalnej (1789): „...w Miasteczku Grodzisk Na Znanym Sytuowana in suo esse ace devre zostaiąca, na krzyż stawiona z drzewa rzniętego – już stara.”. W 1784 parafia (wówczas unicka) w Grodzisku liczyła 694 wiernych i obejmowała Grodzisk, Drochlin, Makarki, Smarklice i Sypnie.
Po likwidacji unii na Białostocczyźnie (1839) i przyłączeniu parafii do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego liczba wiernych zaczęła wzrastać i w 1857 wynosiła 742 osoby. W należącej do parafii wsi Czarna Wielka z inicjatywy Franciszka Kudry wzniesiono w latach 1868–1869 drewnianą cerkiew cmentarną pod wezwaniem Kazańskiej Ikony Matki Bożej (konsekrowaną 2 lutego 1869). W następnym roku obok cerkwi cmentarnej zbudowano drewnianą wolnostojącą dzwonnicę. Na przełomie lat 80. i 90. XIX w. w pobliżu drewnianej cerkwi Narodzenia Bogurodzicy, po drugiej stronie drogi wzniesiono murowaną cerkiew, którą 22 października 1891 konsekrowano pod wezwaniem św. Mikołaja. Świątynia zyskała bogate wyposażenie.