Jesienią 705 roku stanął pod murami Konstantynopola, do którego dostał się wraz z garstką towarzyszy przez akwedukt. Jego niespodziewane pojawienie się w mieście wywołało powszechną panikę, co pozwoliło mu ponownie przejąć władzę.
Drugi okres panowania Cesarz sprowadził do Nowego Rzymu swoją żonę i małoletniego syna, który otrzymał imię Tyberiusz i został współrządcą ojca. Justynian okrutnie zemścił się na obu uzurpatorach (pierwszy z nich – Leoncjusz został wcześniej obalony przez Tyberiusza Apsimarosa, pozbawiony nosa i umieszczony w klasztorze). Obu sprowadzono w łańcuchach na hipodrom, gdzie cesarz używał ich jako podnóżka w czasie wyścigu rydwanów. Po tym akcie upokorzenia obaj zostali straceni. Cesarz zemścił się także na mieszkańcach Rawenny, którzy, w jego ocenie, nie dość gorliwie działali w sprawie uwięzienia papieża Sergiusza. Miasto zostało złupione, jego biskup oślepiony, a wielu mieszkańców sprowadzono do stolicy dla dokonania tam egzekucji. Cesarz planował również pomścić swoje krzywdy doznane od mieszkańców Chersonezu. Trzecia z kolei ekspedycja karna wysłana do miasta zbuntowała się jednak przeciw legalnemu władcy i przyłączyła się do buntu, któremu przewodził oficer ormiańskiego pochodzenia – Filipikos Bardanes.