Epoka nowożytna thumb|240px|Kłodzko w 1737 roku W 1526 roku miasto wraz z całym hrabstwem dostało się pod panowanie Habsburgów. Kłodzko stało się silnym ośrodkiem protestantyzmu, a przed wybuchem wojny trzydziestoletniej było całkowicie luterańskie. W życiu gospodarczym nastąpił dalszy rozwój rzemiosła – płóciennictwa i kowalstwa, a także piwowarstwa, wybudowano wodociągi i wieżę ciśnień, a w 1619 roku założono drukarnię. Świadectwem rozwoju miasta było wybudowanie nowych kamienic w stylu renesansowym i barokowym. Okres prosperity przewała wojna trzydziestoletnia (1618–1648), która doprowadziła miasto do ruinySłownik geografii turystycznej Sudetów, pod red. M. Staffa, t. 15, Wrocław 1994, s. 199–200..
Pod panowaniem pruskim (niemieckim) W 1742 roku Kłodzko znalazło się w granicach Królestwa Prus. Przyłączenie do nowego państwa nie poprawiło kondycji miasta, które stało się miastem wojskowym. Wtedy też wyburzono ostatecznie zamek na Górze Fortecznej i ukończono twierdzę. W połowie XVIII wieku pojawiły się pierwsze latarnie uliczne oraz wyremontowano kościół parafialny po zniszczeniach z początku XVII wieku. Miasto otrzymało status twierdzyKłodzko. Dzieje miasta, pod red. R. Gładkiewicza, Kłodzko 1998, s. 78..