Międzynarodowej i Praw Człowieka Departament Wykonania Orzeczeń i Probacji Departament Zawodów Prawniczych Biuro Administracyjne Biuro Bezpieczeństwa Biuro Cyberbezpieczeństwa Biuro Dyrektora Generalnego Biuro Finansów Biuro Informacyjne Krajowego Rejestru Karnego Biuro Komunikacji i Promocji Biuro Ministra Biuro Obsługi Komisji do spraw reprywatyzacji nieruchomości warszawskich.
Jednostki organizacyjne podległe ministrowi.: Instytut Ekspertyz Ekonomicznych i Finansowych w Łodzi Instytut Ekspertyz Sądowych im. prof. dra Jana Sehna w Krakowie Instytut Ekspertyz Medycznych w Łodzi Instytut Wymiaru Sprawiedliwości Centralny Zarząd Służby Więziennej Centrum Cyberbezpieczeństwa w likwidacji Okręgowe inspektoraty Służby Więziennej Areszty śledcze Zakłady Karne Centralny Ośrodek Szkolenia Służby Więziennej w Kaliszu Ośrodek Szkolenia Służby Więziennej w Kulach Ośrodek Szkolenia Służby Więziennej w Popowie Ośrodek Szkolenia Służby Więziennej w Suchej okręgowe ośrodki wychowawcze, zakłady poprawcze i Schroniska dla nieletnich