Próba porozumienia pomiędzy Francją a Cesarstwem Niemieckim zakończyła się fiaskiem, wobec czego Montmorency stracił zaufanie i przychylność króla. Franciszek I związał się natomiast z jego przeciwnikami: kardynałem Tournon, Claude’em d’Annebaultem oraz Anną de Pisseleu d’Heilly, księżną Etampes. Montmorency opuścił dwór królewski w czerwcu 1541 Utracił również posadę zarządcy Langwedocji oraz wszystkie swoje urzędy. Nadal jednak prowadził korespondencję z księciem Henrykiem, synem króla.
thumb|270px|Anne de Montmorency
Pod rządami Henryka II Montmorency powrócił do życia publicznego dopiero po intronizacji Henryka II w marcu 1547 r. Nowy król zwrócił mu wszystkie jego tytuły i pozbył się ze swojego otoczenia księżnej Etampes oraz grona jej zwolenników. W roku 1548, Montmorency stłumił powstania w prowincjach południowo-zachodnich, a przede wszystkim - w Bordeaux. W latach 1549–50 Montmorency prowadził kampanię w Boulonnais, po czym 24 marca 1550 r. przyjął kapitulację tego regionu. Król nagrodził go tytułami księcia oraz para. W roku 1551 jego baronostwo awansowało do statusu księstwa. Wkrótce potem jego armie, walczące na północnym wschodzie Francji, opanowały Metz, Toul i Verdun.