W roku 1881 Mabini otrzymał stypendium na naukę w koledżu San Juan de Letran w Manili. Według niepotwierdzonych pogłosek, profesor wyżywał się na nim z powodu jego niskiego pochodzenia. Mabini w tym czasie nosił podarte ubrania, które jednoznacznie wskazywały na kiepski status materialny jego rodziny. Jednak zdumiał on swojego wychowawcę wiedzą i umiejętnością odpowiedzi na serię trudnych pytań. Mabini kilkakrotnie przerywał naukę z uwagi na brak pieniędzy. W międzyczasie dorabiał na swoje utrzymanie i zakwaterowanie, udzielając dzieciom korepetycji.
Matka Mabini'ego pragnęła, by jej syn został księdzem. Jednak on wolał podjąć studia prawnicze, by móc bronić praw biednych ludzi. W rok po uzyskaniu tytułu licencjata (z wyróżnieniem) oraz tytułu profesora łaciny, Mabini podjął studia na uniwersytecie w Santo Tomas. W roku 1894 zakończył edukację na wydziale prawa.
Początki działalności politycznej Podobno już podczas pobytu w Letran Mabini zaczął skłaniać się ku idei egalitaryzmu. Pewnego dnia, w drodze powrotnej do Tanauan, Mabini spotkał księdza. Gdy ksiądz wyciągnął ku niemu rękę, by mógł ją pocałować (co wówczas było powszechnym zwyczajem), Mabini poprzestał na uściśnięciu ręki duchownego.