Życie osobiste Cespedes był dwukrotnie żonaty. Za pierwszym razem poślubił Marię del Carmen de Cespedes y del Castilo. Doczekał się z nią trojga dzieci. Po raz drugi ożenił się z Aną Marią de Quesada y Loinaz. Z drugiego małżeństwa urodził się Carlos Manuel de Céspedes y Quesada, późniejszy prezydent Kuby w roku 1933. Przed swoją śmiercią w San Lorenzo, Cespedes miał romans z wdową, Franciscą Rodriguez.
Swojemu piątemu dziecku Cespedes nadał imię Oscar ku czci swego zamordowanego wcześniej syna, który zginął rozstrzelany przez hiszpański pluton egzekucyjny. Władze hiszpańskie porwały Oscara i proponowały jego zwolnienie w zamian za rezygnację Cespedesa z urzędu prezydenta Kuby. Cespedes odparł wtedy, że jego dzieckiem jest nie tylko Oscar, ale każdy Kubańczyk, poległy podczas rewolucji, którą on wzniecił. Przed rozpoczęciem wojny Cespedes interesował się muzyką. Skomponował m.in. romantyczną pieśń zwaną La Bayamesa.
Podobizna Cespedesa znajdowała się na banknotach o nominale 10 peso do roku 1959. Później zdobiła ona banknoty 100-pesowe. Imieniem Cespedesa nazwano również gminę w kubańskiej prowincji Camagüey.