Goukouni, wraz z blisko dwudziestoma innymi przeciwnikami reżimu, powrócił do Czadu 30 lipca 2007 roku. Uczestniczył w dyskusji z prezydentem Débym na temat rebelii oraz sposobów złagodzenia sytuacji wewnętrznej kraju. Tego samego dnia, wraz ze swoimi zwolennikami, były prezydent wyjechał z Czadu do Libreville.
4 marca 2008 r. spotkał się on z prezydentem Nigru, Mamadou Tandją. Celem konferencji było omówienie sytuacji w Czadzie po bitwie pod Ndżameną, stoczonej w lutym 2008 r.
Źródła i wzmianki James Brooke, "Habre Policy in Chad: Name Ex-Foes to Key Posts", The New York Times, 18 sierpnia 1987. James Brooke, "Chad Said to Win Vast Libyan Booty", The New York Times, 1 kwietnia 1987. "Tchad: Idriss Deby rencontre l'ex-président Goukouni Weddeye à Libreville", AFP (Jeuneafrique.com),17 kwietnia 2007 (w jęz. francuskim). "L'ancien président Goukouni Weddeye veut "sauver le Tchad" de l'éclatement", AFP (Jeuneafrique.com) 18 kwietnia 2007 (w jęz. francuskim). "Les rebelles rejettent la médiation de l'ex-président Goukouni", AFP