Na skutek kompromisu, osiągniętego w koalicji rządowej, złożonej z Kongresu Ludów Północy (Northern People's Congress, NPC) oraz Narodowej Rady Obywateli Nigerii (National Council of Nigerian Citizens, NCNC), 9 lutego 1965 stanowisko Naczelnego Dowódcy Armii Nigeryjskiej powierzono Ironsiemu.
Polityka Upadek Pierwszej Republiki Nigeryjskiej Kryzys polityczny w niepodległej Nigerii przyczynił się do wybuchu zamieszek i eskalacji przestępczości w niektórych prowincjach kraju. Okazana przez premiera Tafawę Balewę niezdolność do opanowania sytuacji w Nigerii skłoniła wyższych wojskowych do obalenia rządów cywilnych na drodze zamachu stanu, który przeprowadzono 14 stycznia 1966. Rewolucjoniści, dowodzeni przez majora Chukwumę Kadunę Nzeogwu, pochodzącego z plemienia Igbo (z Okpanam nieopodal Asaby; obecnie w stanie Delta), zlikwidowali szereg najbardziej wpływowych polityków z północnych i zachodnich prowincji Nigerii. Jednak Ironsi, którego nazwisko również znajdowało się na liście osób do zamordowania, zdołał przechytrzyć rebeliantów w Lagos, Federalnym Terytorium Stołecznym. Z popiołów Pierwszej Republiki Ironsi wyszedł jako pierwszy wojskowy przywódca państwa.