Utworzono rząd republikański, kładąc w ten sposób podwaliny pod ustrój demokratyczny, w którym (przynajmniej w teorii) każdy obywatel miał cieszyć się wolnością i równością wobec prawa.
Duarte, jako jeden z głównych autorów niepodległości Dominikany, miał duże poparcie w wyborach na pierwszego prezydenta Dominikany. Niektórzy zwolennicy Juana Pablo Duarte proponowali mu, by samowolnie ogłosił się prezydentem. On jednak zadeklarował, iż zostanie prezydentem tylko wówczas, gdy wybierze go większość mieszkańców Dominikany. Tymczasem, na wyspie istniało wciąż silne stronnictwo, popierające zwierzchnictwo hiszpańskie. Jego przywódcy uważali, że rząd hiszpański to jedyna potęga, będąca w stanie ochronić Dominikanę przed zagrożeniem i inwazją ze strony Haiti. Generał Pedro Santana, plantator ze wschodnich rubieży wyspy, poprowadził swoją armię na Santo Domingo. Duarte został pojmany, a następnie wygnany z Dominikany. W roku 1845 Santana wygnał z wyspy całą rodzinę Duarte. Santana został uhonorowany przez hiszpańską królową, Izabelę II, tytułem markiza de las Carreras.