Wyłamał się spośród zwolenników radykalnej Frakcji Czerwonej Armii. Popierał „długie marsze poprzez instytucje władzy", które polegać miały na uczestnictwie działaczy studenckich ruchów lewicowych w aparacie władzy. Jako „integralna część maszynerii” administracyjnej, mogliby oni dokonywać radykalnych przemian w społeczeństwie. Koncepcja ta została przejęta od Szkoły frankfurckiej.
W roku 1968 Dutschke przeżył zamach na swoje życie. 11 lat później problemy zdrowotne związane z komplikacjami po postrzale przyczyniły się do jego śmierci. Studenci z kręgów radykalnych skarżyli się, że próba zabójstwa Dutschkego została zainspirowana przez antystudencką kampanię, prowadzoną przez wydawnictwo Axela Springera. Oskarżenia te przyczyniły się do wydania przez rząd zakazu dystrybucji pism Springera na terenie całych Niemiec. Na tym tle dochodziło do ulicznych starć w miastach niemieckich.
W roku 1966 Dutschke poślubił Amerykankę . Małżeństwo to wydało na świat troje dzieci. Drugi syn Dutschkego, urodzony w roku 1980 Rudi-Marek jest obecnie politykiem niemieckiej Partii Zielonych oraz członkiem dziekanatu w Berlinie.