W VIII wieku p.n.e. kontrolę nad tymi terenami przejęła Babilonia, a następnie Persja. W V wieku p.n.e. osiedlili się tutaj Żydzi powracający z niewoli babilońskiej.
W 332 p.n.e. Wzgórza Golan i cały region został zdobyty przez Aleksandra Macedońskiego. Po jego śmierci Golan wszedł w skład państwa Seleucydów. To właśnie wówczas nadano mu nazwę: Golan (gr. Gaulanitis).
Podczas powstania Machabeuszów Golan pozostał w rękach Seleucydów.
W 34 r. n.e. Rzymianie włączyli Golan w skład prowincji Syrii.
Współcześnie thumb|Porzucony na Wzgórzach Golan izraelski czołg Centurion. Region ten odgrywał ważną rolę w wojnach izraelsko-arabskich. Panowanie nad wzgórzami umożliwia Izraelowi ostrzał Damaszku, a Syrii ostrzał północnego Izraela. Dlatego też zostały one silnie ufortyfikowane. Mimo to w 1967 podczas wojny sześciodniowej Wzgórza Golan zostały błyskawicznie zdobyte przez wojska Izraela. Próba odzyskania ich przez wojska syryjskie podczas wojny Jom Kipur w 1973 zakończyła się niepowodzeniem. Od 1974 roku istnieje pas neutralny, kontrolowany przez Siły pokojowe ONZ (UNDOF), oddzielający Syrię od ziem pod kontrolą izraelską. Na terenie pasa neutralnego znajduje się syryjskie miasto Al-Kunajtira (Quineitra), które przed oddaniem przez Izrael zostało całkowicie zniszczone przez ostrzał artyleryjski.