Ponieważ przyjazd kolejnej załogi opóźniał się, przygotowali oni stację Mir do działania bezzałogowego, po czym powrócili na Ziemię 27 kwietnia 1989 r.
W kwietniu 1990 r. Krikalow rozpoczął przygotowania do swojego drugiego lotu w charakterze członka załogi rezerwowej. Miał uczestniczyć w ósmej długotrwałej misji na stacji Mir, która przewidywała również pięć spacerów kosmicznych oraz tydzień wspólnych radziecko-japońskich operacji. W grudniu 1990 r. Krikalow przygotowywał się do dziewiątej misji na stacji Mir, która obejmowała także dziesięć spacerów kosmicznych. Sojuz TM-12 wzbił się ponad atmosferę 19 maja 1991 r. Krikalow pełnił funkcję inżyniera lotu. Dowódcą ekspedycji był Anatolij Arcebarski. W locie uczestniczyła również brytyjska astronautka, Helen Sharman. Sharman wróciła na Ziemię po tygodniu, razem z poprzednią załogą, tymczasem Krikalow i Arcebarski pozostali na stacji Mir. W ciągu lata wykonali sześć spacerów kosmicznych, w trakcie których przeprowadzili różne badania oraz czynności związane z obsługą stacji.