Bagosora odpowiadał za powołanie jednostek „samoobrony”, tzw. Interahamwe, które później miały działać na terenie każdej gminy w kraju. Grupy samoobrony miały na celu współpracę z lokalną policją, milicją oraz wojskiem. Bagosora przyczynił się także do dystrybucji broni oraz maczet w Rwandzie. W okresie od stycznia 1993 do marca 1994 Rwanda importowała ponad 500 tys. sztuk maczet, dwukrotnie więcej niż w poprzednim rokuMeredith 2005:500–501. Opublikowano także listy osób, uważanych za wrogów narodu. Nieuchronnie nadciągało widmo wojny domowej.
Około godziny 20:15 6 kwietnia 1994 r. prezydent Habyarimana wracał swoim samolotem do Kigali z konferencji, gdy jego samolot został trafiony przez dwie rakiety odpalone z ziemi. Samolot spadł na ziemię. Wszyscy piloci oraz pasażerowie, wraz z prezydentem, zginęli. Do dziś nie zgromadzono dostatecznych dowodów, wskazujących kto jest odpowiedzialny za zestrzelenie samolotu. Jednak w kręgu głównych podejrzanych o organizację zamachu znajduje się pułkownik Bagosora wraz z podległymi mu grupami akazu. Wieść o śmierci prezydenta została szybko rozgłoszona, co wywołało falę zabójstwMeredith 2005:507.