Derby podpisało kontrakt z Faganem, a wysokość odstępnego wynosiła 750 000 funtów, która wzrosła do 1 000 000 funtów w zależności od awansu do Premier League.
Po dołączeniu do Derby, Fagan szybko przedostał się do pierwszego zespołu i zadebiutował w wygranym 1:0 meczu z Sheffield Wednesday 13 stycznia 2007. Do końca sezonu zagrał w 17 spotkaniach w lidze i w jednym pucharowym. Następnie Fagan zagrał we wszystkich trzech meczach w udanych dla Derby play-offach, w tym w wygranym 1:0 z West Bromwich Albion finale play-off Championship.
Sezon 2007/08 okazał się dla Derby bardzo trudny, jednak sam Fagan zdołał zagrać w 22 spotkaniach w Premier League. 7 marca 2008 został wypożyczony do Hull City. Dzień później zagrał w wygranym 2:0 meczu ze Scunthorpe United. Menedżer Derby Paul Jewell ogłosił w dniu 17 czerwca 2008, że umowa dotycząca przeniesienia Fagana z powrotem do Hull została uzgodniona, a opłata ma wynosić 750 000 funtów.
W sobotę, 13 września 2008 roku, Fagan doznał złamania kości piszczelowej po „przerażającym ataku” pomocnika Newcastle United, Danny'ego Guthrie. Po powrocie Hull City do Championship, Fagan spędził prawie cały sezon 2010/11 na leczeniu kontuzji. Po zakończeniu sezonu, 10 maja 2011 roku, klub ogłosił, że kontrakt Fagana z Hull City został rozwiązany.