Na czas wkroczenia na terytorium Litwy Armii Czerwonej przygotowywała powszechne powstanie, licząc na reakcję międzynarodową, szczególnie ze strony USA i Wielkiej Brytanii. Wydała wiele instrukcji i dyrektyw, które regulowały działania ruchu partyzanckiego. LLA miała dosyć elastyczną strukturę organizacyjną. Była podzielona na 2 sektory: organizacyjny i czynny, zwany Vanagai (Jastrzębie). Vanagai stanowiło właściwą armię partyzancką, przygotowującą wystąpienie zbrojne przeciwko Sowietom. Natomiast członkowie sektora organizacyjnego mieli zapewnić partyzantom żywność, transport, informacje, łączność i leczenie. W terenie istniały okręgi. Do walki zbrojnej latem 1944 r. przystąpiły 4 spośród nich: Wilno, Kowno, Poniewież i Szawle. Ponieważ tylko Okręg Szawle miał dogodne warunki do rozwoju sił partyzanckich, gdyż na terenie pozostałych przebywały silne oddziały sowieckie, jego sztab na czele z ppor. A. Eidimtasem-Papunisem przejął funkcje sztabu głównego organizacji. W okręgu działało prawdopodobnie ok. 14-15 tys. wyszkolonych i uzbrojonych partyzantów, rozlokowanych w gminach i miasteczkach w oddziałach liczących po 20-60 osób.