Rozgrywka Resident Evil 4 niemalże we wszystkim różni się od poprzednich trzech części. Najbardziej widoczne innowacje w tej grze to: Widok zza pleców bohatera (TPP) przez cały czas rozgrywki. Postać handlarza, u którego można kupić broń, ulepszyć ją, dokupić przydatne rzeczy, a także można mu sprzedać przedmioty znalezione podczas gry. W niektórych etapach gry bohaterowi towarzyszy córka prezydenta, Ashley – gracz jest zmuszony ją chronić, gdyż jeśli zostanie zabita lub któryś z Ganados ją porwie, gra jest skończona. Sam gracz musi również uważać z oddawaniem strzałów, bowiem Ashley może zostać zraniona przez Leona. Resident Evil 4 jest pierwszą grą w serii, w której przeciwnikami nie są zombie – w ich zastępstwie przyszli inteligentniejsi wrogowie którzy są kontrolowani przez pasożyta: wieśniacy, mnisi oraz żołnierze. Wszyscy ci przeciwnicy potrafią komunikować się między sobą, stawiać drabiny żeby wejść do pomieszczenia oraz używać różnych broni.