Ponownie rodzina carska partycypowała w kosztach odbudowy klasztoru, a carowie Michał I i jego syn Aleksy składali w monasterze cenne dary. Ten drugi sfinansował budowę zachowanej do dziś cerkwi Zwiastowania, dzwonnicy oraz przebudowę części baszt. W wieku XVIII z kolei wzniesiono na jego terenie kaplicę „nad słupem św. Nikity” i nowe budynki przeznaczone dla służby. W XIX wieku rozebrana została cerkiew św. Michała Archistratega, którą zastąpiła nowa dzwonnica.
Po rewolucji październikowej majątki klasztorne zostały w 1918 znacjonalizowane, a w pięć lat później formalnie zamknięto także wspólnotę monastyczną. Najcenniejsze przedmioty z wyposażenia kompleksu zostały przekazane do różnych placówek muzealnych, zaś w budynkach zajmowanych dotąd przez mnichów rozlokowano szkołę, ośrodek wczasowy, mieszkania oraz więzienie. W 1933 został uroczyście spalony zabytkowy ikonostas do tej pory znajdujący się w nieczynnym soborze św. Nikity. Po II wojnie światowej podjęto pewne prace konserwatorskie na terenie soboru i klasztoru, co jednak nie zatrzymało jego postępującej dewastacji.