Biskup Atanazy Wielki mianował go kierownikiem Aleksandryjskiej Szkoły Katechetycznej i funkcję tę Dydym pełnił przez około 50 lat. Mieszkał wówczas prawdopodobnie w pobliżu Aleksandrii i prowadził pustelniczy tryb życia. Do grona jego przyjaciół należeli Antoni Pustelnik i Palladius, którzy wielokrotnie odwiedzali go w jego pustelni. Wśród najwybitniejszych uczniów Dydyma wymienia się świętego Hieronima, Izydora z Peluzjum i Rufina z Akwilei.
Nauka Dydym pozostawał pod wpływem Orygenesa oraz Atanazego Wielkiego. Był przede wszystkim egzegetą (według Palladiusza napisał komentarze do całego Pisma Świętego). Zwalczał szczególnie mocno arianizm, pozostając na pozycjach ortodoksyjnych, czyli zgodnych z tradycją i nauką Kościoła. W swojej nauce przykładał szczególną wagę do roli Ducha Świętego, dlatego nazywany jest także “teologiem Ducha Świętego”.
Podziw dla Orygenesa przyczynił się do głoszenia przez Dydyma także teorii nieakceptowanych przez Kościół (np. preegzystencji dusz, apokatastazy), co zadecydowało o włączeniu jego doktryny do potępionych poglądów Orygenesa przez Sobory – Konstantynopolitański II (553 rok) i III (lata 680–681) oraz Nicejski II (787 rok).