Zamiast tego, część praktyk opartych na naturopatii koncentruje się na metodach diagnoz i działań pseudomedycznych, co do których brak jest uznanych dowodów, że są skuteczne lub że przynoszą pozytywny rezultat w postaci poprawy stanu zdrowia.
W przypadku szeregu metod wykorzystywanych przez naturoterapię są nieskuteczne, np. diagnoza irydologiczna, refleksologia. W przypadku innych wyniki są niejednoznaczne, np. diatermia, która nie leczy chorób, znajduje zastosowanie w łagodzeniu bólu lub medycynie sportowej, a niektóre elementy terapii określanych jako „naturopatyczne” przynoszą efekty korzystne dla zdrowia człowieka, np. stosowanie diet odchudzających, abstynencja (zmniejsza ryzyko chorób serca) czy masaże (redukują stres).
Kontekst naukowy Naturopatia i inne praktyki oparte na holistycznym podejściu do zdrowia (np. joga, medytacja, masaże odnowy biologicznej, większość nurtów psychoterapii) klasyfikowane są jako terapie typu mind–body i nie traktuje się ich jako substytutu medycyny konwencjonalnej. Badania, takie jak Taylor i in.