Jako bezpartyjny kandydat Unii Demokratycznej uzyskiwał mandat poselski w wyborach w 1991 i 1993. W 1994 przystąpił do nowo powołanej Unii Wolności, w której w 1995 objął funkcję sekretarza generalnego. W 1997, pod koniec trwania Sejmu II kadencji, wraz z grupą działaczy UW pod kierownictwem Jana Rokity utworzył Koło Konserwatywno-Ludowe. W tym samym roku wraz z KKL przystąpił do nowo utworzonego Stronnictwa Konserwatywno-Ludowego, które jednocześnie przystąpiło do Akcji Wyborczej Solidarność. W SKL pełnił funkcje sekretarza generalnego i wiceprezesa.
W wyborach w 1997 zdobył mandat poselski jako kandydat AWS. W latach 1997–2000 przewodniczył sejmowej Komisji Obrony Narodowej, a w latach 2000–2001 był ministrem obrony narodowej w rządzie Jerzego Buzka. W 2001, jeszcze jako minister w mniejszościowym rządzie AWS, Bronisław Komorowski wraz z częścią działaczy SKL związał się z Platformą Obywatelską. Z listy tego ugrupowania kandydował w wyborach do Sejmu IV kadencji. Uzyskał mandat poselski w okręgu warszawskim. Wkrótce po inauguracji nowego parlamentu wystąpił z SKL i zaangażował się w działalność Platformy Obywatelskiej. Od 2001 był członkiem zarządu krajowego PO, a od 2006 wiceprzewodniczącym. W Sejmie IV kadencji był zastępcą przewodniczącego Komisji Obrony Narodowej i członkiem Komisji Spraw Zagranicznych.