[lapsus] Archeopteryx macrura Ostrom, 1970 [lapsus] Archaeopteryx crassipes (Meyer, 1857) Ostrom, 1972 [zarzucona w 1977 na rzecz A. lithographica za opinią ICZN 1070] Archaeopterix lithographica di Gregorio, 1984 [lapsus] Archaeopteryx recurva Howgate, 1984 Jurapteryx recurva (Howgate, 1984) Howgate, 1985 Archaeopteryx bavarica Wellnhofer, 1993 Wellnhoferia grandis Elżanowski, 2001
Szkielet archeopteryksa tak bardzo przypomina szkielet nieptasiego teropoda, że okaz z Solnhofen początkowo uznano za należący do kompsognata.
Sprawa taksonomii rodzaju wciąż jest kwestią sporną. Mayr i współpracownicy (2007) za ważne i faktycznie odrębne uznali przynajmniej dwa gatunki: A. lithographica (okazy: 2, 4, 5, 6) opisywane jako (A. crassipes, A. macrura, A. oweni, A. recurva) oraz A. siemensii (okazy: 3, 8, 11). W 2001 roku Andrzej Elżanowski zaklasyfikował okaz z Solnhofen do osobnego gatunku Wellnhoferia grandis, wskazując na krótszy ogon i nieco odmienną budowę kończyn. W niektórych publikacjach wspierano hipotezę o odrębności okazu z Solnhofen od innych archeopteryksów, podczas gdy w innych sugerowano, że różnice pomiędzy okazami są jedynie efektem zmienności osobniczej i wszystkie skamieniałości należą do gatunku Archaeopteryx lithographica. Foth i Rauhut (2017) przenieśli gatunek A. crassipes (którego holotypem jest tzw.