Proceder seksualnego wykorzystywania dzieci (molestowanie seksualne ok. 30 małoletnich członków Legionu, w latach 1940–1970) i seminarzystów przez Maciela trwał przez dziesięciolecia. Watykan nie reagował na skargi i zarzuty, kierowane przez ofiary kapłana. W swoim oświadczeniu Watykan przyznał, iż traktowane były one jak kalumnie, a w prasie i internecie apologeci przedstawiali sprawcę jako ofiarę fałszywych oskarżeńJason Berry, Gerard Renner, śluby milczenia. Nadużywanie władzy za pontyfikatu Jana Pawła II Warszawa 2012, s. 19.. Przedostawanie się informacji o przestępstwach do opinii publicznej było utrudnione z uwagi na fakt, iż członkowie zgromadzenia zobowiązani byli do zachowania tajemnicy na temat tego, co się wewnątrz niego dziejetvn.24, PAP.. Postępowanie wobec Maciela rozpoczęto w Watykanie na początku pontyfikatu Benedykta XVI. Przeprowadzono też wewnętrzne śledztwa. Publikacja wewnętrznego raportu Legionów Chrystusa zbiegła się w czasie z przyjęciem przez papieża Franciszka rezygnacji kardynała Angela Sodana z funkcji dziekana Kolegium Kardynalskiego.