Od 1993 do 2000 był członkiem Partii Demokratycznej, w 1994 pełnił funkcję jej przewodniczącego. Partia ta poszła do wyborów we wrześniu 1998 w ramach Słowackiej Koalicji Demokratycznej z czterema innymi ugrupowaniami, sojusz ten w wyniku wyborów przejął. W październiku 1998 Ivan Mikloš objął stanowisko wicepremiera i ministra gospodarki w gabinecie nowego premiera Mikuláša Dzurindy i zajmował je przez całą czteroletnią kadencję. W 2002 pełnił przez kilka miesięcy również funkcję ministra transportu, poczty i telekomunikacji.
W 2001 wstąpił do utworzonej Słowackiej Unii Chrześcijańskiej i Demokratycznej (SDKÚ). W listopadzie 2002 został wybrany na jej wiceprzewodniczącego ds. gospodarki i edukacji. W wyborach w 2002 partia ta zajęła drugie miejsce (Ivan Mikloš uzyskał mandat poselski), po czym współtworzyła kolejną koalicję rządową. W październiku 2002 Ivan Mikloš objął stanowisko wicepremiera i ministra finansów w drugim gabinecie Mikuláša Dzurindy i zajmował je przez całą kadencję, tj. do lipca 2006.