Zawieszenie statusu prawnego przez Urząd ds. Wyznań i działalność podziemna Po śmierci biskupa Zygmunta Szypolda w strukturach organizacyjnych wspólnoty doszło do kryzysu. Koadiutor bp. Szypolda, abp Ignacy Wysoczański nie otrzymał od władz Polski Ludowej zgody na objęcie zwierzchnictwa. Problemy te wykorzystały władze Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej. Gdy Kościół nie zdecydował się na wybór lojalnego władzom biskupa, zdelegalizowały wspólnotę w 1965, powołując się na brak w niej władzy zwierzchniej.
W lipcu 1965, wskutek braku subordynacji wobec abp. Ignacego Wysoczańskiego, bp sufragan Bogdan Filipowicz wraz z grupą 12 duchownych został usunięty dyscyplinarnie ze struktur Polskiego Kościoła Starokatolickiego. Po tym wydarzeniu Filipowicz na zwołanym przez siebie synodzie Kościoła Starokatolickiego w PRL został wybrany na zwierzchnika swojej wspólnoty i przyjął tytuł arcybiskupa Kościoła Starokatolickiego w PRL. Wspólnota ta nazywana również była Kościołem Starokatolickim Unii Samarytańskiej.