W grudniu 1993 złożono w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych wniosek o rejestrację związku wyznaniowego, który jednak administracja państwowa odrzuciła w 1995. Na synodzie w styczniu 1994 wybrano Zwierzchnikiem Kościoła ks. Wojciecha Kolma. W odmowie urzędnicy zasugerowali, że nazwa Kościoła powinna nawiązywać nie do katolicyzmu, ale do starokatolicyzmu. Ponowny wniosek o rejestrację Kościoła został rozpatrzony w 1996. Po jego akceptacji przez ministerstwo, wspólnota przyjęła nazwę Kościół Starokatolicki w Rzeczypospolitej Polskiej.
11 listopada 1999 ks. Wojciech Kolm przyjął sakrę biskupią z rąk abp. Norberta Udo Marii Szuwarta, Zwierzchnika Pozajurysdykcyjnego Zakonu Mariawitów w Niemczech. Współkonsekratorami byli: Henryk Marciniak, biskup starokatolicki, Jan Maria Leon Plichta, niezależny biskup mariawicki. Dzięki tej sakrze Kościół zyskał biskupa posiadającego ważną sukcesję apostolską, mającą swoje umocowanie w tradycji tzw. starokatolicyzmu utrechckiego.
W 2001 nawiązano współpracę z ks. Christopherem Rogersonem, co zaowocowało utworzeniem Brytyjskiej Prowincji Kościoła Starokatolickiego. W listopadzie tego samego roku, biskup Kolm udzielił ks.