III batalion po stoczeniu walki obronnej pod Fougeroles, częścią sił próbował odjechać do dywizji transportem samochodowym, jednak na wiadomość o zajęciu miejscowości Lure, obie części batalionu zostały podzielone na małe grupki z zadaniem przedzierania się do południowej części Francji lub Szwajcarii. II batalion transportem samochodowym w dniu 17 czerwca oderwał się od napierającego nieprzyjaciela i dołączył w nocy z 17 na 18 czerwca do dywizji. W dniu 19 czerwca wziął udział w walkach o Maiche u boku 4 Warszawskiego Pułku Strzelców Pieszych. W nocy 19/20 czerwca 1940 r. II batalion 5 pułku strzelców przeszedł granicę francusko-szwajcarską i został internowany.
Dalsze losy małopolskich strzelców pieszych Granicę przekroczyło 31 oficerów i 576 szeregowych. Rozwiązany w 1945. W okresie od sierpnia 1944, do maja 1945 roku ewakuowanych zostało kilkudziesięciu żołnierzy i oficerów pułku do Francji, z tego niespełna połowa przybyła do Wielkiej Brytanii i odtwarzała 2 Brygadę Strzelców Pieszych 4 DP. Jego tradycje kultywował w Wielkiej Brytanii 5 Małopolski Batalion Strzelców Pieszych.
Żołnierze pułku