Z końcem stycznia 1976 r., w wyniku wprowadzonej w połowie poprzedniego roku reformy administracyjnej, Naczelny Dyrektor – Leon Chajn wydał zarządzenie dostosowujące sieć archiwalną do nowego podziału administracyjnego państwa. Jego mocą powołano odrębne, samodzielne WAP w Suwałkach, któremu podporządkowano oddział terenowy w Ełku. Tym samym obie te placówki przestały figurować w strukturze organizacyjnej WAP w Białymstoku. Nadal do niej natomiast należały dwie pozostałe jednostki – w Łomży i Bielsku Podlaskim, którym jedynie zmieniono dotychczasowe nazwy odpowiednio na: WAP w Białymstoku Oddział w Łomży i WAP w Białymstoku Ekspozytura w Bielsku Podlaskim.
Wraz ze zmianami ustrojowymi kraju, Archiwum na początku 1990 r. przejęło (według ówczesnego dyrektora – H. Majeckiego razem z pomieszczeniami magazynowymi) archiwum Komitetu Wojewódzkiego PZPR w Białymstoku. Jednak po przejściu lokali Komitetu na własność Filii Uniwersytetu Warszawskiego w Białymstoku, zmuszone było szukać dodatkowych przestrzeni magazynowych, mogących pomieścić tak znaczny pod względem gabarytu nabytek. W porozumieniu z Magistratem wydzierżawiło więc 170 m² powierzchni w lokalu Żłobka Miejskiego przy ul. Wesołej 10. W nowo pozyskanych magazynach zdeponowano całość akt KW PZPR wraz z dokumentacją organizacji młodzieżowych.