Do SIS II w sumie podłączonych jest 25 państw członkowskich i Wielka Brytania oraz 4 państwa stowarzyszone ze strefą Schengen (Islandia, Liechtenstein, Norwegia i Szwajcaria), poza systemem znajdują się Cypr oraz Irlandia.
System funkcjonuje na zasadzie wyszukiwań manualnych i automatycznych w bazie centralnej lub w jego krajowej kopii. System centralny raportuje o zarządzaniu alertami w SIS II, liczbie alertów, liczbie wyszukań w zależności od kategorii, liczbie alertów dotyczących poszukiwanych osób, zaś państwa członkowskie o liczbie zapytań (kwerend) oraz liczbie trafień.
Biorąc pod uwagę statystyki kwerend w SIS II za 2018 r., sumaryczny dostęp do niego wyniósł 6,185 mld razy dla wszystkich państw, z uwzględnieniem każdej transakcji niezależnie od wyniku sprawdzenia, jak też zarządzanie alertami według ( – tworzenie wpisu, – aktualizację, – usunięcie, – zmianę daty).
Najczęstszymi użytkownikami SIS II w 2018 r. były Francja (17,3%), Hiszpania (11%), Wielka Brytania (9,8%), Niemcy (9,8%), Włochy (7,2%) oraz Polska (5,8%).