Wielka wojna I wojna światowa zastała Jędrzejewicza w Warszawie u rodziców, gdzie po zaliczeniu I roku studiów spędzał wakacje. Kolega Wacława ze „Strzelca”, Adam Koc „Witold” zainicjował ideę utworzenia Polskiej Organizacji Wojskowej (POW), gdzie Jędrzejewicz pełnił początkowo funkcję kierownika szkół podoficerskich POW w Warszawie. We wrześniu 1914 roku wraz z Konradem Libickim „Buyno” założył Wolną Szkołę Wojskową, która skupiała się na szkoleniu młodzieży z różnych kręgów społecznych. Jędrzejewicz pełnił tam rolę zastępcy, zaś Libicki był komendantem. Szkołę tą ukończył również brat Wacława, Janusz Jędrzejewicz, który wstąpił również w kręgi POW w grudniu 1914 r.
Za zgodą Józefa Piłsudskiego, na czele tzw. Batalionu Warszawskiego, w sierpniu 1915 r. dołączył do I Brygady Legionów walczącej wówczas na Wołyniu. Skierowany ponownie do pracy w POW. Był członkiem Komendy Naczelnej i komendantem okręgów POW w Częstochowie i Zagłębiu, angażował się też w działalność polityczną. Po powrocie w marcu 1916 r. do Warszawy działał w POW. Z ramienia tej organizacji został komendantem Warszawy. W lipcu 1917 r. został aresztowany przez Niemców i skazany na 10 lat więzienia. Do lipca 1918 r. odbywał karę w więzieniu w Warszawie, następnie został przeniesiony do obozu internowanych w Modlinie. Dzięki działaniom rodziny we wrześniu 1918 r.