Do końca lat 90. wygaszono produkcję w „starym” zakładzieInfrastrukturę sprzedano na rzecz kilku podmiotów (m.in. dyskontu Lidl). Do 2010 roku większość obiektów na tym terenie zostało rozebranych, natomiast pozostawiono biurowiec, w którym mieści się administracja spółki ZT Kruszwica SA., natomiast systematycznie rozbudowywano „nowy” zakład w Kobylnikach koło Kruszwicy. Pod koniec lat 90. wybudowano własną kotłownię pary technologicznej na terenie nowego zakładu, rezygnując z kooperacji z cukrownią Kruszwica. Począwszy od 2000 roku zakład znajdował się rokrocznie w rankingu największych polskich firm (Lista 500 Polityki), plasując się na miejscach 100-250.
W październiku 2002 Bunge Investments France, kontrolowana przed kupiła od grupy Edison 55 proc. udziałów w Cerol i złożyła ofertę wykupu pozostałych akcji. W następstwie tych działań grupa Bunge – jeden z największych na świecie przetwórców nasion oleistych, działający w 30 krajach świata – stała się właścicielem zakładu, dysponując 64% kapitału ZT Kruszwica.