Wojsko podporządkowano wiedeńskiej Radzie Wojennej.
Organem rządu centralnego na Węgrzech i w Siedmiogrodzie były Rady Namiestnicze. Na ich czele stał namiestnik na Węgrzech i gubernator w Siedmiogrodzie. Wszystkie ważniejsze sprawy załatwiano jednak w Wiedniu. Na Węgrzech siłą wprowadzano katolicyzm. Szlachcie pozostawiono rozległe uprawnienia stanowe, samorządy komitatowe i sądownictwo patrymonialne nad chłopami. Magnateria szybko uległa zniemczeniu, średnia szlachta była bardziej przywiązana do madziarskich tradycji, ale pogodziła się z habsburskimi rządami za cenę zachowania przywilejów. Proces włączania Węgier do monarchii habsburskiej zakończyło w 1723 r. przyjęcie przez Sejm sankcji pragmatycznej. Faktycznym testem na lojalność Węgrów wobec monarchii miała stać się dopiero wojna o sukcesję austriacką.