Wojna z Meksykiem Kearny, rozczarowany brakiem możności wykazania się walce, odszedł z armii w roku 1846, ale w kilka miesięcy później, na wieść o wybuchu wojny amerykańsko-meksykańskiej powrócił. Polecono mu sformować i wyćwiczyć w Terre Haute w stanie Indiana Kompanię F dla 1. pułku dragonów. Zaciąg ludzi i zakup 120 jabłkowitych koni pokrył z własnych pieniędzy. Oddział miał stacjonować Rio Grande, ale wkrótce został szwadronem przybocznym gen. Scotta, głównodowodzącego armią w Meksyku. W grudniu otrzymał awans na kapitana.
Kearny i jego ludzie brali udział w bitwach pod Contreras i Churubusco; on sam w ostatnim starciu – prowadzący śmiałą szarżę – został trafiony odłamkiem kartacza w lewe ramię, które trzeba było amputować. Swą odwagą Kearny zaskarbił sobie szacunek zarówno żołnierzy, jak i oficerów. Gen. Winfield Scott nazwał go doskonałym żołnierzem i najdzielniejszym człowiekiem jakiego znałemDupuy, s. 396.. Kearny bardzo szybko powrócił do szeregu, a gdy armia – w miesiąc później – zdobyła Meksyk, dostąpił zaszczytu przekroczenia bram miasta jako pierwszy.
Powrót do Francji Po wojnie Kearny został skierowany do pracy w biurze rekrutacyjnym armii w Nowym Jorku.