2 marca 2019 zakończył pełnienie funkcji przewodniczącego TR.
Postępowania karne 3 października 2024 wraz z dwoma wspólnikami został zatrzymany przez funkcjonariuszy Centralnego Biura Antykorupcyjnego w związku ze śledztwem dotyczącym niekorzystnego rozporządzenia mieniem na szkodę około 5 tys. osób i na kwotę blisko 70 mln zł. Janusz Palikot nie przyznał się do zarzucanych mu czynów. W związku z tymi zarzutami został tymczasowo aresztowany na dwa miesiące. Tymczasowe aresztowanie zostało przedłużone 29 listopada 2024 na kolejny miesiąc, a 30 grudnia 2024 na dalsze trzy miesiące przy jednoczesnym umożliwieniu wpłacenia poręczenia majątkowego w kwocie 2 mln zł do końca stycznia 2025. Po wpłaceniu tej kwoty został zwolniony 27 stycznia 2025.
W listopadzie 2024 został nieprawomocnie skazany na grzywnę w kwocie 450 tys. zł za nielegalną reklamę alkoholu; wyrok w tej sprawie uprawomocnił się w 2025.
Wystąpienia publiczne i wypowiedzi W kwietniu 2007 podczas konferencji programowej PO wystąpił w koszulce z napisami „jestem gejem”, „jestem z SLD”. Argumentował, iż chciał w ten sposób ukazać rolę, jaką odgrywać PO powinna we współczesnej polityce;