Zofia musiała pogodzić się z porażką i faktem, że jej syn nie jest już dzieckiem, którym może kierować. Po roku doszło do pojednania między matką a synem.

Wygnanie Na wygnaniu w Nykøbingu, gdzie królowa żyła w dobrach zapisanych jej przez męża, zajmowała się uprawą ziół leczniczych i gromadzeniem pieśni ludowych. Wespół z pastorem Andersem Vedelem wydała w 1591 pierwszy zbiór duńskich pieśni ludowych w formie książkowej, dzięki czemu przyczyniła się do ocalenia części duńskiej spuścizny narodowej. Przebudowała zamek w Nykøbingu i założyła w nim galerię obrazów. Królowa wiele podróżowała, wraz z dworem liczącym około 200 osób i sporym ekwipunkiem. Interesowała się wieloma rzeczami, w tym astronomią. Jeszcze za życia męża odwiedziła obserwatorium astronomiczne Tycho Brahe na wyspie położonej w SundziePalle Lauring: Danske konger og dronninger, Aschehoug 2005, str. 320.. Była zręcznym administratorem swoich dóbr i łatwo pomnażała swoje zasoby finansowe, udzielając oprocentowanych pożyczek swojemu synowi oraz licznym książętom.