Służba w wojsku Wkrótce po wybuchu II wojny światowej Lee zgłosił się na ochotnika do fińskiej armii, by walczyć w wojnie zimowej. Wraz z innymi brytyjskimi ochotnikami nie brał udziału w walce, pełniąc służbę wartowniczą. Następnie wrócił do kraju, gdzie podjął pracę w koncernie farmaceutycznym Beecham, a następnie wstąpił do Home Guard. W marcu 1941 roku na zapalenie płuc zmarł jego ojciec. Wkrótce potem Christopher zgłosił się do służby w Royal Air Force.
Lee stawił się na szkolenie w bazie RAF w Uxbridge, skąd został oddelegowany do Paignton. Szkolenie ukończył w Liverpoolu, skąd trafił do Bulawayo w Rodezji Południowej. Podczas jednego z lotów samolotem de Havilland Tiger Moth doznał uszkodzenia nerwu wzrokowego, a wojskowy lekarz stwierdził, że Lee już nigdy nie będzie latał. Przeniesiono go do Salisbury (obecnie Harare), w tym czasie odwiedził Maronderę, Wielkie Zimbabwe i Park Narodowy Hwange, a następnie zgłosił się do Wywiadu RAF, został jednak skierowany do służby wartowniczej w więzieniu Salisbury. Potem został awansowany (Leading aircraftman) i przeniesiony do Durbanu, skąd na pokładzie SS Nieuw Amsterdam popłynął do Suezu.