W okresie końca wojny Lee, który biegle posługiwał się językami włoskim, francuskim i niemieckim pracował w Centralnym Rejestrze Przestępców Wojennych i Podejrzanych, gdzie pomagał w ujęciu zbrodniarzy wojennychChristopher Lee, movie villain, briefly WWII Nazi-hunter, dies at 93 . O swej służbie w tym czasie powiedział: „Otrzymaliśmy dossier z informacjami co zrobili i gdzie ich znaleźć, mieliśmy ich dokładnie przesłuchać a następnie wydać odpowiednim władzom... Widzieliśmy obozy koncentracyjne. Niektóre zostały wysprzątane. Inne nie”„Christopher Lee: a giant among actors”. The Times. 20 listopada 2009 . Lee zakończył służbę w RAF w 1946 roku.
Ojczym Lee także służył w wywiadzie, jednak nie miał wpływu na karierę pasierba. Ostatni raz widzieli się w autobusie w Londynie w 1940 roku, po rozwodzie z jego matką. Lee przyznał, że w czasie wojny pracował dla formacji Special Operations Executive (SOE) i Long Range Desert Group (LRDG), jednak nigdy nie zdradził szczegółów. „Pracowałem czasem dla SAS, jednak nigdy nie będzie mi wolno opowiedzieć o konkretnych misjach. Powiedzmy po prostu, że służyłem w wywiadzie i tak to zostawmy. Ludzie mogą to interpretować jak chcą. SOE była przez niektórych nazywana „ministerstwem wojny niedżentelmeńskiej”Historie telewizyjne.