Krajobraz powiatu ełckiego jest typowy dla krajobrazu moreny czołowej. Wyróżniają go liczne zaokrąglone wyniosłości, zamknięte zagłębienia, około 90 większych i mniejszych jezior, niezdecydowana sieć hydrograficzna oraz zawiły układ poziomic. Najwyższe wzniesienie to Płowcza Góra (205 m n.p.m.) leżąca w okolicy Skomacka Wielkiego. Natomiast obszary położone najniżej to pobliża jezior, m.in.: Przepiórki, Białego, Krzywego, Stackiego, a także tereny ciągnące się wzdłuż biegu rzek: Ełku, Przepiórki, Małkiń. Obniżenie tych terenów sięga 120 m n.p.m.
Niemal cały powiat znajduje się w dorzeczu rzeki Ełk. Największym jej dopływem jest rzeka Lega, nosząca w swym środkowym odcinku nazwę Małkiń, a od Jeziora Rajgrodzkiego do ujścia płynie jako Jerzgnia. Lasy powiatu ełckiego, zajmujące 24,8 tys. ha, to na ogół pozostałości niegdysiejszej Puszczy Jaćwieskiej. Jej fragmentami są: na północy Puszcza Borecka, na wschodzie Puszcza Augustowska i Lasy Ełckie. W lasach powiatu przeważają drzewa iglaste, przede wszystkim świerk i sosna. Ponadto, w drzewostanie występują: lipa, dąb, wierzba, brzoza i olcha.