W skład ministerstwa wchodził Gabinet Polityczny Ministra oraz następujące komórki organizacyjne.: Departament Administrowania Obrotem Departament Analiz i Prognoz Ekonomicznych Departament Bezpieczeństwa Energetycznego Departament Dialogu i Partnerstwa Społecznego Departament Europejskich Spraw Gospodarczych Departament Funduszy Departament Informatyki Departament Inicjatywy INTERREG Departament Innowacyjności Departament Instrumentów Finansowych Departament Inwestycji Zagranicznych i Promocji Eksportu Departament Konkurencyjności Gospodarki Departament Kontroli Eksportu Departament Koordynacji Funduszu Spójności Departament Koordynacji Polityki Strukturalnej Departament Międzynarodowej Współpracy Dwustronnej Departament Polityki Handlowej Departament Polityki Przemysłowej Departament Polityki Regionalnej Departament Prawa Pracy Departament Programów Offsetowych Departament Programów Pomocowych i Pomocy Technicznej Departament Przedsiębiorczości Departament Rynku Pracy Departament Spraw Obronnych Departament Turystyki Departament Unii Europejskiej Departament Warunków Pracy Departament Wdrażania Europejskiego Funduszu Społecznego Departament Wdrażania Programów Rozwoju Regionalnego Departament Wynagrodzeń Departament Zarządzania Europejskim Funduszem Społecznym Departament Zarządzania Programem