Nagrody 2003 – Nagroda Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego w konkursie „Ślady Pamięci” za książkę Polska szkoła sowietologiczna; 2003 – Nagroda Klio II stopnia za książkę Polska 1939 roku wobec paktu Ribbentrop-Mołotow 2005 – Nagroda im. Jerzego Giedroycia przyznana przez Senat Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie za książkę Bolszewizm – totalitaryzm – rewolucja – Rosja (t. 1–2) 2005 – Międzynarodowa „Nagroda Wyszehradzka” przyznana przez cztery Akademie Nauk: polską, czeską, słowacką i węgierską za całokształt dorobku naukowego w 2005 2008 – Nagroda honorowa im. Henryka Wereszyckiego i Wacława Felczaka nadana przez Wydział Historyczny Uniwersytetu Jagiellońskiego za edycję Listów Jerzego Giedroycia i Czesława Miłosza. 2012 – Najlepsza publikacja o historii polskiej dyplomacji (Polityka zagraniczna Polski 1938–1939. Cztery decyzje Józefa Becka) przyznana przez Radę Naukową ds. Historycznych przy Ministrze Spraw Zagranicznych. 2013 – medal im. Tadeusza Manteuffla przyznany przez Instytut Historii PAN. 2018 – minister kultury i dziedzictwa narodowego Piotr Gliński uhonorował go Srebrnym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”. 2023 – Srebrny Medal „Zasłużony dla Nauki Polskiej Sapientia et Veritas”